学术不端查重主要是为了检测文献中是否存在抄袭、剽窃等学术不端行为，常用的工具有Turnitin、iThenticate等。而知网查重则是指使用知网（CNKI）的文献查重系统进行检测，主要针对中文文献。区别在于，学术不端查重更注重学术诚信和学术规范，而知网查重更侧重于中文文献的查重。

此外，学术不端查重通常需要学术机构或个人购买使用权，费用较高；而知网查重则是知网平台提供的免费服务，适用范围更广。在实际应用中，需要根据具体需求选择合适的查重方式，以确保学术研究的质量和可信度。